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寡糖中的果寡糖可作为体内双叉菌—芘菲德氏(Bifidns)菌等有益菌生长繁殖的菌养份，能压抑有害菌种的生存空间，促成肠道有益菌丛生态健全。可增加菌养的吸收效率，减少肠道有害毒素的产生，从而维持免疫机能，减少肠道发生恶性肿瘤的危险，延缓老化。所以果寡糖和乳酸菌、膳食纤维等物质都是整肠、体内环保、促进正常排便的好帮手。
许多研究还表明，果寡糖对血胆固醇及中性脂肪的下降有帮助。它和膳食纤维一样，有助于血胆固醇的控制。其生理机制与膳食纤维类似，能与胆酸、胆盐结合而将其排出体外，防止再吸收。体内就会促进胆固醇在肝脏进行氧化作用产生胆酸，降低血胆固醇浓度。
果寡糖经肠道细菌发酵后，可以形成有利于矿物质吸收的肠道环境，尤其是钙、镁等微量矿物质。研究表明，果寡糖有乳酸菌的保健效益，却比乳酸菌更能突破胃酸的破坏，进入肠道中受细菌所利用；所以果寡糖有膳食纤维的生理功能，却没有膳食纤维会抑制矿物质吸收的缺点
