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从果寡糖的作用机理来看，果寡糖的作用主要是通过调节动物或人体肠道中微生物区系平衡而实现的。人体或动物体内分泌的α—淀粉酶、蔗寡酶。麦芽糖不能水解为β—1，2糖苷键的果寡糖。因此，果寡糖大都能顺利通过胃和小肠而不被降解利用，但大肠中的乳酸杆菌，双歧杆菌，梭状芽孢杆菌可产生一系列果糖苷酶使有益菌得到养分而增殖而有害菌不能分泌此酶，同时有益菌增殖后，会通过各种途径抑制有害菌。从而使肠道微生生态系统调整到正常状态。
而且
