1946～1949年，王泽农回到上海，在复旦大学农学院茶业专修科任教授兼主任。这时期，南京国民政府对进步师生进行疯狂镇压和迫害。王泽农为了爱护和支持他们的正义斗争。在鼓励和教导学生努力学习专业的同时，还特别关心学生优良品德和进步思想的培养，经常参加学生时政座谈会，在他们主办的墙报上发表个人见解。当学生受到不公正的处分和迫害时，他积极参加进步师生的集会，进行正义的呼吁和抗议。

1949年5月上海解放，王泽农除继续在茶业专修科任教外，还筹建了复旦大学农业化学系，担任系主任。同时受命华东区军管会担任华东区茶叶公司总经理。建国初期，他工作繁重，除教学工作外，还担任复旦大学教学改革组副主任，以及其他社会工作。但王泽农始终坚持搞好教学工作，从没有放弃课堂