1938年王泽农从比利时回国，这时日本侵略军大举侵华，我国人民生命财产朝不保夕，物资供应严重缺乏。他受命协助李亮恭筹建复旦大学农学院。王泽农除担任教学工作外，还担任农场农产制造组主任兼技师。由于当时经费拮据，他在产品上力求提高品质，打开销路，在技术上精益求精。当时大后方的酱油制造技术极为落后，仅靠天然发酵，品质较差。王泽农改进了天然发酵技术，分离、纯化培育了优良麴菌；由他领导研制的“复旦酱油”，成为重庆市场畅销产品，从而使学校经费自给有余。为坚持抗战到底，解决师生的生活费用和学校办学的困难，学校实行半工半读制。王泽农以身作则，每天下午与学生同劳动，并在现场为学生解决实际问题。

当时复旦大学由于辗转迁徙，损失巨大，仪器设备都很缺乏，为了保证课堂讲授和实验不脱节，他与某些工厂协作或自行设计制造仪器和必需的药品、试剂，尽可能保证实验课程的顺利进行。

1942～1944年，王泽农先后在江