在漫长的地质年代，特别是褶皱上升到山上或初露地表之后，玉与周围的岩石、土壤、植物发生接触，通过渗透、浸泡、晾晒、靠染等作用，一些矿物成分进入玉中，玉中的一些矿物成分也会发生变化，这些都能改变玉石的原来颜色。同源山料冲到下游变成了籽料之后，因为经历的外界环境不同，时间长短的不同，“旅行”路途的不同，次生物质渗入玉中就不同，玉的表皮风化转色和玉质本身色泽的变化也就不同。这样才有了各种籽料不同的皮色与玉色。玉的这种颜色的改变完全是自然使入，非人为参作，所以称之为天然次生色。玉的原生色受到次生因素的侵扰，就会慢慢改变原来的颜色，这种物理、化学、人为环境的作用，使玉带上了次生颜色。

一旦玉进入了人们的生活，就会受到人为因素的影响。在长期佩戴、盘摸的过程中，传世的玉器会在表皮和内部慢慢出现转色。这是人们的汗脂、生活物品的接触、空气的氧化、光照等因素的影响造成的，不少传世古玉还会在玉的皮壳上留下细细的磨痕。葬玉会与墓葬中的物品相互接触，使玉受到沁变，从而改变了原来的颜色。还有的是人为在玉器的某个部位加工做上颜色，这种颜色的改变是人类活动造就的，所以叫人为次生色。下面介绍几种颜色容易混淆的识别方法：

边玉（边石） 它看上去既像玉又像石，有不同的颜色，色泽分布也好像受沁的古玉、老化的美玉。这种玉实际上是玉矿的边沿和岩石交界之处的边玉（边石），它的色泽与古玉受沁是不同的。

皮色 是玉石在自然界形成的天然次生色，其颜色有黑、黄、栗等。不少玉工在制作玉器艺术品时，有的故意将皮色留下作为“俏色”，也有的留下一些皮色以示是正宗籽料。

作色 人工作色属玉的人为次生色，也是对玉的一种艺术加工，同时也被制假者利用造假作古。虽然作色也是从皮壳开始，沿绺裂、玉质薄弱处渗入玉肌，但它的颜色呆板、层次不清。而作色则是短期行为，它们不可能完全相像。人工作色用烧、煮、化学腐蚀等手段作成之后，皮壳上会留下黯然受损的作色部位，或颜色只是浮在表面，仔细端详也就会明白分辨。