抗日战争期间，国内口岸沦陷或已丧失易货能力，港英当局又不允许当时的中国政府在香港设立官方机构——贸易委员会为办理茶叶出口，只好用富华贸易公司的名义，而吴觉农则以贸易委员会专员兼香港富华公司副总经理的身份，组织全国茶叶运集香港，履行对苏易货和对外推销，1938—1939年间，华茶外销跃居我国出口农产品中的第一位。 　　

　　吴觉农认为，振兴茶业必须造就大量的专业科技人才。他的这一主张得到了当时复旦大学教授、教务长兼法学院院长孙寒冰的支持，并向代校长吴南轩作了汇报，征得贸易委员会和中国茶叶公司同意，于1940年拨专款在重庆复旦大学创设了第一个茶业系，他兼任教授和系主任。 　　

1941年“珍珠港事件”后，中国茶叶公司的业务处于停滞状态。可是，吴觉农对抗日胜利则充满信心，时刻不忘为战后的茶叶恢复和发展作准备，他拟订了一套茶树更新计划，为贸易委员会和茶叶总公司接受，并落实了经费在大后方主要茶区进行更新工作。同时，在他的建议下，由他率领一批有茶叶技术专长的青年人离