国民政府为适应抗战需要，1938年6月7日颁布《管理全国茶叶出口贸易办法大纲》，规定：一、各省茶叶生产管理及运输事宜由各省政府组织茶叶管理机关办理。二、名省茶叶对外推销事宜，概由中国茶叶公司办理……。同年8月，中国茶叶公司在安徽屯溪坑口乡设立砖茶厂，生产茯砖、米砖、青砖等8个品种。(该厂1942年停产)。12月16日，又与云南省经济委员会合资成立云南茶叶贸易股份有限公司，并决定设立顺宁(今凤庆)、佛海(今勐海)茶厂。后在昆明增设复兴茶厂，生产销四川的沱茶。在下关建康藏茶厂，生产藏销紧压茶。

国民政府行政院长孔祥熙于1939年6月9日签发训令：“查茶叶为我国对外贸易特产，且为易货及换取外汇之重要物资，所有全国茶叶改良、产制、收购、运输及对外易货各项事宜，自应统一管理，以专权责。兹责成中国茶叶公司办理，并指令该公司总经理寿景伟主持其事，仍由贸易委员会督导进行。财政经济、交通两部及产茶各省政府均应随时予以协助。”

1939年下半年，湖南、湖北部分茶区被日军占领，对苏联出口青砖无法运输，系邀请苏联专家却尼到四川西路边茶产区考察，认为西路边茶可代替两湖砖茶，决定在灌县建厂生产，该厂1940年正式成立。

国民政府行政院于1940年1月23日通过《调整茶叶贸易机关治本、治标办法》。办法指定中国茶叶公司为国营茶叶专业公司，隶属财政部下设的贸易委员会，其资本总额1000万元，全部为财政部拔款，原有的其它股份一概退出。并在浙江、福建、湖南、湖北、江西、安徽、广东、广西、云南等省设分公司。办公地址也因战事迁往重庆。其时，湖南安化正式大量生产黑砖茶，分天字砖、地字砖、人字砖、和字砖4个等级，同年8月5日，由中国茶叶公司与湖南省茶业管理处茶厂签订首批黑茶砖出口合同，2000箱黑砖茶计96000公斤经香港出口苏联。

1941年湖南省茶业处砖茶厂隶属湖南省建设厅领导，改名湖南省砖茶厂。7月，所生产的10万片黑砖茶计20万公斤首批运往兰州，从此，黑砖茶除由经甘肃、新疆运往苏联外，也供应西北市场。

1942年12月9日国民政府行政院颁布《砖茶运西北办法纲要》。规定：一、湖南安化所产砖茶及其他地方所产砖茶原料，应由中国茶叶公司统筹收购、分配。厂家压制砖茶后交由中国茶叶公司统一销售。二、中国茶叶公司应利用与湖南省合办的砖茶厂及湖南、陕西境内的公私厂家，每年压制砖茶400万片至600万片(每片2公斤)，专销西北。三、砖茶及原料由湖南运至陕西，砖茶由陕西运至新疆及西北各省，应由运输统制局及交通部协助提供交通工具……。 1941年秋，因抗战影响，中国茶叶公司湖南办事处将阻滞于沅陵、桃源之间的黑茶托交湖南省砖茶厂代压成砖，1942年湖南省砖茶厂专门在桃源沙坪设立分厂，代压中茶公司茶砖。同年中国茶叶公司派总技师李厚澄来湘考察，策划黑茶生产事宜。经与湖南省政府协商，湖南省砖茶厂由国营中国茶叶公司与湖南省政府合办，更名为“国营中国茶叶公司湖南砖茶厂”。1942年10月，因产制业务的扩大，又在安化酉州增设酉州分厂(即安化茶厂前身)，并于1943年试制茯砖茶，茯砖茶有部分发花，但不茂盛，未获完全成功，不过，也为今后湖南茯砖茶试制积累宝贵的经验。

中国茶叶公司于1942年在甘肃兰州成立西北分公司，按照国民政府行政院颁发的《砖茶运西北办法纲要》，办理西北茶叶业务。同年，日军侵占缅甸进入云南，滇缅铁路不通，顺宁(凤庆)和佛海(勐海)两茶厂原销往缅甸、泰国以及经缅甸仰光转口的外销茶叶运不出去，所产茶叶全部转口内销。同年2月，湖南省茶业管理处撤消，业务交由中国茶叶公司湖南分公司。

茶叶的引票制度在此时也正式寿终正寝。随着中国最后两个省西康和甘肃取消以茶叶引票方法收取税金，改征茶叶营业税，从宋代以来延续了近千年的票引制度走向终结。在此之前的1912年，国民政府就废除了票引制度，但西康、甘肃仍釆用旧法，四川省也是1938年才予废止引票制度。与此同时，中茶公司制定砖茶原料统购实施办法。其实施区域仅限于湖南省的安化、桃源、新化、益阳等黑毛茶产区。中国公司在上述地域设立收购站，收购茶农生产的黑毛茶或茶商积压的陈黑茶以及半成品和成品，如引包和千两茶等。茶商压制砖茶原料由中茶公司统筹分配，制成品交中茶公司统一运销。

因中国大部分产茶区为日本侵略者所占领，茶叶运输不畅，中国茶叶公司与茶商合资，于1943年又在四川荥经县组成荥经藏茶销茶制造厂(又名中和茶厂，该厂1945年停办)。

1944年，中国茶叶公司湖南砖茶厂所制的黑砖茶7280吨运抵兰州，交国民政府财政部贸易委员兰州办事处。其中4000吨远往新疆哈密，用于与苏联的易货贸易，换取我国急需的抗战物资，其余的供应西北边销。

同年，中国茶叶公司因所辖茶区多被日本占领，外销口岸及路线均为日本人所封锁，经国民政府行政院决议撤消停办，中国茶叶公司原机构全部裁并，其资产划归财政部复兴公司。1945年6月2日，中国茶叶公司湖南分公司撤消，业务归复兴公司，中国茶叶公司湖南砖茶厂由复兴公司湖南分公司接管，改名复兴公司湖南砖茶厂。1946年5月l0日，复兴公司裁撤，复兴公司湖南分公司业务移交中央信托局主管，湖南砖茶厂随之更名中央信托局湖南砖茶厂。

1949年10月，中央财政经济委员会于26日至11月11日在北京召开全国茶叶产销会议，中央财政经济委员会副主任薄一波，农业部副部长吴觉农，贸易部副部长姚依林等出席会议，会议决定：在贸易部和农业部的共同领导下，成立国营中国茶叶公司，统一领导中国茶叶产制、运销业务及研究改良事项，总部设在北京。在主要茶叶集散地城市设立分公司，并在主要茶叶产制地区设加工厂，实行自上而下垂直领导。边销茶准许私人经营，但因关系国家的民族政策，国营商业应大力经营。为此，农业部、贸易部11日联合就成立中国茶叶公司向中央财政经济委员会请示报告，并提出在上海、汉口福州设分公司，杭州、屯溪(安徽省内)、安化(属湖南省)、厦门(属福建省)设支公司。11月19日，贸易部部叶季壮、副部长姚依林、沙千里致函农业部副部长吴觉农：中央财政经济委员会巳批准全国茶叶会议报告。23日，中央财政经济委员会主任陈云，副主任薄一波、马寅初签署文件批复成立中国茶叶公司(公司批复为中国茶叶公司，但挂号成立时“叶”改为了“业”，为中国茶业公司)。12月1日，中国茶业公司正式在北京东安门大街29号办公，经理由农业部副部长吴觉农兼任。

1949年8月，湖南和平解放。9月，长沙军管会物资处派军代表着手湖南省茶叶经营管理机构。包括1947年成立的公私合营的湖南省茶业公司和1947年由省财政为主要投资人的公私合营安化茶叶公司，华湘茶厂等。10月，这些企业划交湖南省商业厅土产公司。1950年1月1日，中国茶业公司中南区公司安化支公司在湖南安化县城东坪镇成立，接管湖南平土产公司全部茶叶经营业务和安化茶场。负责安化、新化、桃源、沅陵(以后延至邵阳、武岗)的茶叶收购、加工、销售和出口事项。随后，又成立“中国茶业公司中南区公司长沙联络处”，负责长沙、岳阳、平江、浏阳、湘乡一带的茶叶收购、加工、销售业务。1950年10月，中国茶业公司安化支公司奉命迁往长沙，并与中南区长沙联络处合并，组成中国茶业公司湖南省公司，经营业务和财务核算隶属中国茶业公司，党政关系隶属湖南省商业厅管理。