2000年，湖北省监利县棋盘乡每亩田负担200元之外，不管是80岁的老人和刚出生的婴儿，每个人还要负担100到400元不等。时任棋盘乡党委书记李昌平上书高层，发出“农民真苦，农村真穷、农业真危险”的呼吁。

在江汉平原、洞庭湖区、淮北等粮食主产区，很多农民卖粮所得没法缴够农民负担，靠外出打工赚钱抵缺。

最先，乡镇干部在农民卖定购粮时，从粮站扣取乡统筹和村提留。后来，随着定购粮取消，中央规定不能代扣，而村干部又难以收上，乡镇干部就组织小分队上门收取，钱没有就牵猪抢粮，人反抗就抓捕关押。

乡镇干部感叹，收农民负担超过计划生育成为“天下第一难事”。很多乡村干部被迫自己垫钱完成上缴任务，乡村债务像雪球一样迅速膨胀，至今还留下沉重包袱。

农民负担几乎牵涉到农村每家每户，农民负担问题引发了农民的集体民怨，成为引发部分地区农民与基层政权之间对立的导火索。因为农民负担过重，安徽省怀远县从1996年至1998年接连出现农民大规模上访，其中1997年因负担问题引发的上访就有624起，不少乡村的干部与群众之间产生尖锐对立。

1999年9月10日，湖南省衡阳县三湖镇党委书记、镇长带领百名镇干部，突击收取农民统筹提留欠款和计划生育罚没款，共殴打群众62人，以物作抵抬走农民棺材6具、电视机5台、稻谷7000余斤等。2000年湖南省委以一号文件对“三湖事件”通报批评。9名镇干部受到党纪、政纪处分，并有3名干部被追究刑事责任。

为遏制农民负担问题，中央和省出台了很多措施，包括严格规定农民负担总额不能超过上年农民人均纯收入的5%，出台不准到农民家里牵猪等多条“禁令”，严格处分引发农民自杀及群体性事件的党政干部。然而，这些主要以约束干部为主的“高压”手段都没有能够起到治本作用，农民负担引发的恶性事件一再发生。

乡镇干部背负了加重农民负担的万恶之名。事实上，原因并没有这么简单。否则就不能解释为何有的乡镇干部因加重农民负担受严厉处分之后，还有那么多干部“前赴后继”。关键原因并不在于乡镇干部“作风差”，而在于政府与农民在公益事业建设的费用分配出现了尖锐矛盾，从事所得微薄的农业生产的农民难以负荷。

本应由公共财政承担的事业，如义务教育办学、乡村公路建设、防洪大堤修建维护等等，由于中央财政转移支付少，而中西部很多县乡财政只能保干部工资与运转，从而转嫁到农民头上。这些公益事业往往以“达标”名义自上而下下达，和官员政绩考核挂钩，而费用主要由农民“买单”，

--县乡干部冗员和挥霍太多，也是重要原因。

为了彻底解决农民负担问题，让农民休息生息，2000年，中共中央、国务院作出重大决策，决定在安徽全省和由其他省、自治区、直辖市选择少数县(市)进行农村税费改革试点，并随后向全国推广铺开，探索建立规范的农村税费制度和从根本上减轻农民负担的办法。

改革试点的主要内容是，废除乡统筹村提留和生猪屠宰税、农业特产税，保留农业税，新增农业税附加主要用于村级公益开支。为了防止中国历史上税减后又增加的“黄宗羲定律”出现，决策者着力配套推进三项改革：

一是推进乡镇机构改革。合并乡镇站所，清退临时聘用人员，事业站所精简编制竞聘上岗。湖北省探索将乡镇水利维护、农业技术等公共事业费用，向社会发包，将以前实质“养人”钱改为“养事”，节省了成本，提升了为农民提供服务的水平。

二是推进农村义务教育体制改革。调查表明，农村税费改革前，在农村义务教育投入中，中央和省级财政只占12%，县级占9.8%，其余78.2%则由乡和村筹集。税费改革后，义务教育费用主要不再由乡村向农民收取，而主要由国家财政转移支付解决。2007年全国免除农村义务教育阶段中小学生的学杂费。

三是推进县乡财政管理体制改革。财政加大了对教育、卫生、文化等事业经费的转移支付力度，国家基本建设资金增量主要用于农村。从2005年开始，中央财政为缓解县乡财政困难，安排资金对地方实施“三奖一补”政策。

为了改善农业的生产条件,稳定粮食生产,国家第一次建立农业补贴制度，对农民实行粮食直补、良种补贴、农机具购置补贴和农业生产资料综合补贴。对乡村道路维修等公益事业，政府均动用财力给予支持，社会再也不用质疑为什么城里修路政府掏钱，农村修路却由农民掏钱。

2005年12月29日，人民大会堂，出席十届全国人大常委会第十九次会议的全国人大常委会组成人员，以0票反对通过，废止了1958年6月3日颁布、实施了近50年的中华人民共和国农业税条例的决定。。

史载，农业税始于春秋时期鲁国的“初税亩”，实施至今。温家宝总理说，在全国彻底取消农业税，“标志着在我国实行了长达2600年的这个古老税种从此退出历史舞台，这是具有划时代意义的重大变革”。